Theo đó, Tổ chức thu lệ phí, được nêu rõ trong dự thảo lần này, bao gồm: Cục Đăng kiểm VN (bao gồm cả các đơn vị đăng kiểm trực thuộc) và đơn vị đăng kiểm được giao cấp giấy chứng nhận bảo đảm chất lượng, an toàn kỹ thuật đối với máy, thiết bị, phương tiện GTVT đường bộ, đường sắt, đường biển, đường thuỷ nội địa và công trình biển. Đối tượng nộp là tổ chức, cá nhân được cấp giấy chứng nhận.
Điểm mới khác đáng lưu ý là dự thảo bãi bỏ thu lệ phí cấp giấy chứng nhận: Giấy chứng nhận hoạt động kiểm định xe cơ giới (cấp cho các trung tâm đăng kiểm, 100.000 đồng/giấy), giấy chứng nhận thợ hàn, đăng kiểm viên (20.000 đồng/giấy), Giấy chứng nhận cơ sở chế tạo trạm thử, phòng thí nghiệm (50.000 đồng/giấy).